気がつけば突然に！

土曜日のある朝。エミー（エミー・オニール）は友達と電話に夢中。弟のニック（ロバート・オリヴェリ）はお父さん似で、ただ今・ロボット作成中の研究家。そう、二人のお父さんのウェイン・サリンスキー（リック・モラニス)は、物質を縮小してしまうマシンの研究に没頭中です。今朝もマシンを作動したのですがうまくいきません。でも、今日は研究会議。実験はうまくいきませんでしたが会議に向かいます。

さて、隣家に住んでいるのがトンプソン一家。息子のロン（ジャレッド・ラッシュトン）の野球のボールが、マシンのある部屋に飛び込んでしまいその衝撃でスイッチが作動。なんと！部屋の物を小さくし始めます。悪い事にその部屋にボールを取りにロンとニックが入ってしまい二人はたちまち小さくなり、二人を探しにきたロンの兄・ラス（トーマス・ブラウン）とエミーもついでにミクロにしてしまいます。

おかげで彼らの大きさはたった６mm、大きな声をだしても普通の人には声は聞こえません。４人が小さくなったのを知っているのはサリンスキー家の愛犬・クォークだけ。その上、実験がうまくいってないと思い込んでいたウェインに子供達はごみと一緒に捨てられてしまいます…

小さな体には庭もジャングル状態！

なんとかゴミ袋から逃げ出した４人ですが、サリンスキー家の庭は小さい彼らにはまるでジャングル！綺麗なはずの蝶も巨大な怪獣、小さな水たまりも大きな泥の池、庭を飛び交う蜂は空を飛ぶ暴れ馬！

さて、騒動の原因のマシンを作ったウェインは、急に子供達がいなくなりよくよく考えて、マシンが誤動作し子供達が小さくなった事に気付きます。

しかし、世間の目は相変わらず冷たく落ち込み気味。そこで、業界の実力者・ムガトゥ(ウィル・フェレル)のショーの出演依頼を引き受ける事にします。今までまるでお呼びがかからなかったのに何故に？っと疑問に思いながら、その仕事を受けるミクロキッズなのですが…

僕は目撃者なのさ！

実は、その騒動を初めから知っているのはサリンスキー家の愛犬・クォーク。なんとか、お父さんに教えようとするのですが、お父さんは気がつきません。

でも、クォークはいつもかわいがってくれる子供達を見捨てる訳にはいきません。

だって、クォークは子供達が大好きなんですもの！